
Első könyv
Egy moszkvai sétatér padján két férfi beszélget. Berlioz, egy népszerű irodalmi folyóirat elnöke és Ivan Nyikolajevics Ponirjov, a költő. Berlioz egy vallásellenes verset rendel a költőtől, miközben furcsa, nehéz látomások rémisztgetik. Egy alak áll meg előtte, Woland professzor és azt mondja Berlioznak, hogy este hétkor levágják a fejét, Annuska ugyanis kiöntötte az olajat.
Ekkor új történet kezdődik, regény a regényben, Woland professzor mesél...
Jezsuát (=Jézust) a prókátor (= jogi ügyet előre mozdító személy, ez esetben Poncius Pilátusnak felel meg) faggatja a tanairól, melyek szerint az óhit temploma hamarosan összeomlik és felépül az új hit és igazság temploma. A prókátor maga is hiszi, hogy hamarosan megszűnik a központi hatalom (= a császárság) és az emberiség az igazság és méltányosság birodalmába jut – mégis helybenhagyja Jezsua halálos ítéletét és Jezsuát két társával a Koponya-hegyre viszik kivégezni.
Woland professzor elmondja azt is, hogy hamarosan Berlioz lakásában fog lakni. Ettől Berlioz megijed és egy telefonhoz siet, de útközben elcsúszik a villamossínen, mert Annuska korábban kiöntötte itt az olajat, amit vásárolt. Berliozt elüti a villamos és levágja a fejét.
Ivan Nyikolajevics (a költő) ekkor a professzor keresésére indul, még a Moszkva folyóba is beúszik, hogy megkeresse. Közben azonban ellopják a ruháját a partról, ezért egy szál ingben megy a Tömegir klubba, ahonnan egyből a pszichiátriára vitetik az öltözéke miatt.
Woland professzor közben pepita öltönyben és egy nagy fekete kandúr társaságában beköltözik Berlioz lakásába, ahol Berlioz társbérlőjével, Lihogyejevvel bosszantják egymást. Hamarosan megérkezik Boszoj, lakóbizottsági elnök, aki némi csúszópénzért cserébe szemet huny az illegális lakásfoglalás felett. De amint kiteszi a lábát Boszoj, Woland máris jelenti a rendőrségnek, hogy a lakóbizottsági elnök idegen valutát tart a lakásán... röviddel ezután a rendőrök el is vezetik.
Óriásplakátok hirdetik Woland professzor fekete mágia előadását a Varietészínházban. Nagy az érdeklődés és a közönség meg is kapja az izgalmat, sőt! A professzor lefejezi a konferansziét, mert az sürgette őt. Azután egy divatszalont varázsol a színpadra, ahol kedvükre válogathatnak a hölgyek a legújabb párizsi modellek közül. Pénzt is szór a nézőtérre, nem fukarkodik... azonban a ruhák egy pillanat alatt eltűnnek, a bankjegyek sörcímkékké válnak. De még a napi bevétel is átváltozik rubelből dollárrá és angol fonttá a főkönyvelő táskájában... akit ezért letartóztatnak.
Ivan Nyikolajevics eközben a kórházban megismerkedik a szomszéd szoba betegével, a Mesterrel (aki amúgy Bulgakov; a Mester az ő politikai és pályafutásbeli hányattatásait jeleníti meg.) A Mester egy pénznyereményt követően otthagyta múzeumi állását, hogy író legyen. Könyvet írt Poncius Pilátusról, azonban, amikor a bizottság elé tárta, ők nem találták kiadhatónak a regényét, az inkább ellenérzést váltott ki. Hamarosan már a sajtó is beszélt az elvetemült Mesterről, aki Jézust próbálta becsempészni a szovjet újságokba. Egyre több rágalmazó cikk jelent meg róla, és ő eleinte izgalommal olvasta ezeket. Azután egyre inkább csodálkozott rajta, hogy miket cikkezik róla egy Latunszkij nevű kritikus. Végül elöntötte a félelem, amiért ennyire ellenséges hangon szólnak róla. Egy őszi éjjel, már szinte tébolyultan begyújott a kályhába és elégette a regénye kéziratát. Szerelme ekkor lépett a lakásba és ölelte magához rémülten az írót. A kézirat maradékát is kivette a kályhából.
A Mester ezután nem sokkal sétált be a klinikára.
A betegek délutáni alvása közben Ivan Nyikolajevics álmot lát:
Forró a nap a Koponya-hegy fölött, ahol keresztre feszítik Jezsuát és a két latort. Levi Máté figyeli az eseményeket. Egy bíborcsuklyás katonai alak jelzésére a hóhér lándzsahegyre tűzött ronggyal itatja Jezsuát, azután leszúrja. A két latort is leszúrja és megállapítja, hogy halottak. Leveszik a testeket a keresztről. Ezután Jezsua teste és Levi Máté eltűnik a dombról.
Második könyv
Megtudjuk, hogy a Mester szerelme Margarita Nyikolajevna, aki egy gazdag, jóképű és becsületes férjet hagyott el a nincstelen íróért. Most azonban Margarita nem tudja, hogy a Mester a klinikán van. A városban bolyong a megégett kézirattal, és éppen arra a padra ül le, ahol egy éve megismerkedett a Mesterrel. Gyűlölettel nézi a várost. De csakhamar várakozással teli izgalom fut rajta át, ma történik valami. Egy halottasautó viszi Berliozt, a Tömegir elnökét. Egy árny takarja ki a város képét (Jeruzsálem elveszett) és egy férfihang szól Margaritához: azt mondja, azért küldték, hogy vendégségbe hívja őt. A férfi Azazello és ragaszkodik hozzá, hogy Margarita elmenjen a találkozóra egy külföldi úrral. Kap egy krémet, amivel be kell kenekednie, ettől teljesen megváltozik kívül és belül. Repülni kezd a város felett, berepül a gyűlölt Latunszkij (a kritikus) lakásába és kalapáccsal rendez pusztítást. Vizet önt Latunszkij fiókjaiba, tintát az ágyába. Ezután Margarita a partra repül, ahol egy autó jön érte egy varjú sofőrrel. A varjú Azazellohoz viszi, onnan ők együtt repülnek a Szadovaja utca 302/B-be (ami eredetileg Berlioz lakása volt, de most hatalmas csarnoknak tűnik, mert immár az ördög birodalma, a fekete mágus Wolandé). Margarita Wolandtól kéri, hogy hozza elé neki a Mestert. Varázslatos szélviharral meg is érkezik a Mester, akinek Margarita rögtön a nyakába ugrik.
Woland a kéziratot is sértetlenül veszi át Behemóttól, a nagy fekete macskától.
A következő jelenetben már Margarita a kis lakásukban olvassa a kéziratot és megkeresi benne azt a részt, amelyet akkor reggel olvasott a padon, amikor "a Földközi-tenger felől érkező sötétség eltakarta a helytartó szeme elől a gyűlölt várost"
A sötét látomásban csak a helytartó alakja látszik, majd megjelenik a csuklyás katona is, aki azt az utasítást kapja a helytartótól, hogy tüntesse el a három kivégzett holttestet teljes titokban, hogy sose leljenek rájuk. Azt a parancsot is kapja, hogy csalják el a szerelmes Júdást és késeljék meg. A katonák tehát megelőzik Levi Mátét, aki szintén megölte volna Júdást.
A Szadovaja utca 302/b-ben közben egy nagy csoport egyenruhás jelenik meg és kis lövöldözés után az ott lakók (köztük egy hatalmas kandúr) sértetlenül elmenekülnek.
A Mester és Margarita csatlakoznak Woland kis csapatához.
Ivan Nyikolajevics pedig álmot lát, amelyben a holdsugárfény-ösvényen sétál egymás mellett Pilátus és Jézus, láthatóan éppen tisztázva a dolgaikat.
Ivan Nyikolajevics másnap reggel végre nyugodtan ébred fel.
Gondolatok a műről, értelmezés: