A történet elején Charles Bovaryval ismerkedünk meg, aki csak az anyja unszolására végezte el az orvosi egyetemet. Mivel nem érdekli a téma, nem is igazán ért az orvosláshoz, csak ártalmatlan gyógyszereket ír fel a betegeknek. Charles anyja annyira irányítja a fia életét, hogy feleséget is szerez neki, a csúnya és öreg özvegyasszonyt, Héloise-t. Mivel az asszony nagyjából tisztában van az adottságaival, komikus házasságuk sok féltékenységi jelenettel terhelt.
Nagy megkönnyebbülést jelent a doktornak, amikor Heloise meghal.
Bovary doktornak már van is egy kiszemeltje, akit szívesen tudna az oldalán, egyik betegének lánya, Emma. Maga is szívesen elkerülne már a háztól, eztért hamar lakodalomra kerül sor. Emma egy végletekig romantikus álmodozó lány, akit csak a nagy szerelem érdekel. A doktor azonban nem az az álompasi, aki a romantikus lányregényekben szerepel. Bár fülig szerelmes Emmába, nem veszi észre, hogy Emma boldogtalan mellette és egedül csak a bálokat élvezi. Emma naphosszat csak mulatságokba járna, szép ruhák, inyencségek és felszínes csevegések közé, csak a gazdagok és szépek világa vonzza, miközben Bovary doktor komoly embert játszik.
A házaspár vidékre költözik és megszületik a gyermekük, akit az akkori szokásoknak megfelelően dajka nevel. Emma még mindig a megmentő lovagról álmodozik, aki nencs is olyan messze. A szomszéd patikus Homais úr segédje, Justin fülig szerelmes Emmába, de ő nem veszi észre.
Emma wlőbb plátói kapcsolatba kerül Léon Dupuis-val, azután már tovább lép és szeretőt fogad, összejön Rodolphe-al, akit azonban már összejövetelükkor csak az foglalkoztat, hogy miképp szabadul majd meg Emmától. Emma arról ábrándozik, hogy a férfi megszökteti, ő azonban a szökés előtti nap kidobja.
Emma újra találkozik a plátói Leonnal, de most komoly testi viszonyt is folytatnak. Charles közben mindvvégig úgy hiszi, hogy a házassága tökéletes.
Emma ráveszi. hogy műtsön meg egy dongalábú fiút, a műtét azonban nagyon rosszul sikerül, a fiú lábát végül amputálni kell.
Emma újra csalódik a férjében. Ettől egyre hisztérikusabb lesz és egyre több a kilengése is. Sokszor túlköltekezik és emiatt sok lesz az adóssága. Beszedi a férje betegeitől az orvosi ellátás díját és sikkasztásra próbálja rávenni Leon-t. Amikor nem megy, akkor Rodophe-nál próbálkozik, de ő is elutasítja.
Emma az dósságbeli és unalmas férjbéli elkeseredésében öngyilkosságot kövt el. Arzént lop a patikustól, amitől fájdalmas, napokig tartó szenvedése lesz. Bováry doktor tehetetlenül nézi végig a gyötrődő haláltusát és azt hiszi, hogy a világ leghűségesebb teremtményét vesztette el.
A temetés is olyan, amilyen Emma egész élete volt, komikus és ironikus. Az emberek oda sem figyelve felszínes beszélgetésekbe bocsátkoznak a halott mellett, és Emma két legkedvesebb szeretője átalussza az egészet.
Charles gratulál a nősülni készülő Léon-nak és biztosítja róla, hogy Emma is csak jókat kívánna. Ez már igazán szánalmas hatást kelt.
Emma olyannyira adósságba hajszolta Charles-t, hogy kénytelen a lányukat munkásnak adni egy gyárba.
Így ér véget a mű, és így záródik a történet, felszínes emberek unalmas beszélgetéseivel.
-----------
A műben nincs elbeszélő, mindig egy szereplőő szemével látjuk a helyzeteket. (Ez nagy újítás volt akkor.)
Vannak viszont beszélő nevek:
Bovary jelentése: ökör
Justin = igaz
Lheureux=boldog
Homais =ember