Tamino herceg az Éj birodalmában egy kígyó elől menekül, már utolsó nyilát is kilőtte rá. A kígyó már közel van és a herceg összeesik. Három lefátyolozott hölgy jelenik meg, akik tőrrel elintézik a kígyót, azután nézegetik kicsit az ifjút, és mennek jelenteni az Éj királynőjének a történteket. Amikor Tamino felébred, egy madártollakba öltözöttt erdei ember közeledik, Papageno. Papageno madarakat visz az Éj királynőjének kalácsért és borért, és arról ábrándozik, hogy egyszer majd lányokat fog a hálójába, és a legkedvesebbet feleségül veszi. Tamino megkérdi, hogy ő ölte-e meg a kígyót, és Papageno vállalja, bár fél a kígyóktól. A három hölgy visszaérkezve Papagenonak bor helyett vizet, kalács helyett követ hoz – és a száját is lezárják, amiért hazudott. A három hölgy egy képet mutat Tamino-nak, Pamináról, az Éj királynőjének lányáról. Tamino elámul a csodálattól. Amíg beleszeret Tamino Paminába, a hölgyek elmesélik, hogy Paminát egy gonosz varázsló elrabolta és meg kell menteni. Tamino azonnal vállalja a feladatot és már menne is megküzdeni a lányért. Ekkor megérkezik az Éj királynője és elénekli a lányrablást, majd kéri a fiút, hogy álljon bosszút a lányért, és akkor az az övé lehet.
Papageno szánja-bánja, hogy hazudott, erre a hölgyek leveszik a lakatot a szájáról azzal a feltétellel, hogy többé nem hazudik, és kap egy védő harangjátékot, mert máris indulhat a herceggel. Tamino egy varázsfuvolát kap, amelynek hangja kioltja a gyűlöletet és elindulnak Sarastro (Szarasztró) birodalmába.
Sarastro birodalmában éppen három pletykálkodó őr beszélget arról, hogy Pamina megszökött. Monostatos azonban megtalálja Paminát és láncra verve hozza vissza. A lány elájul, és Monostatos éppen igyekszik rámászni, amikor belép Papageno. Monostatos megijed tőle és elszalad. Papageno elmondja Paminának, hogy jöttek őt megmenteni, készülődjön.
Közben Tamino a Bölcsesség, az Ész és a Természet temploma elé érkezik. A középső kapun kopogtat, azon egy öreg pap lép ki és elmondja, hogy Sarastro a Bölcsesség templomában uralkodik, és a lányrablásra komoly oka volt. Tamino elgondolkodik ezen, azután megfújja a fuvolát, hátha Pamina meghallja. Papageno sípja szólal meg válaszul. A hercegnő már futna is Tamino karjaiba, de Monostatos útját állja. Ekkor Papageno megbűvöli a védelmező harangjátékkal és továbbmehetnek.
Ám ekkor Sarastro áll elébük. Papageno térdre rogyva könyörög az életükért, de Sarastro nem akarta őket bántani. A lányt azonban nem engedheti vissza anyjához. Ekkor Monostatos Taminot vezeti elő. A két fiatal most találkozik először és azonnal egymásba szeret. Monostatos szétválasztaná őket, de Sarastro nem engedi. Az Erényről és Igazságról zeng a kórus.
Sarastroval a Fény birodalmába mennek, ahol Sarastro imát mond az ifjú pár boldogságáért, és hiszi, hogy Tamino "oszlopa lesz a Fény birodalmának" és elnyeri Pamina kezét.
Taminonak próbákat kell kiállnia. Papageno is vele tart, de ő nem áll készen, fél. Lidércek ijesztgetik őket.
Közben kicsit arrébb Monostatos oson Paminához, de megint megzavarják. Most az Éj királynője érkezik, hogy a lányát arra biztassa, hogy segítsen neki visszaszerezni a hatalmát. Pamina ellenkezik, de anyja a kezébe nyom egy tőrt, hogy ölje meg Sarastro-t. (Pokoli lánggal ég a bosszú bennem...)
Megjelenik Monostatos és már erőszakosan zsarolja a lányt, hogy leleplezi Sarastro előtt az összeesküvést az anyjával. Ekkor megjelenik Sarastro és a lány bocsánatért esedezik az anyja számára, de Sarastro Bölcsesség-templomában nem létezik az erőszak. (Itt megtisztul a lélek...)
Közben Tamino és Papageno a próbákat állják ki. Nem szabad megszólalniuk. Papagéna vénasszony külsővel hoz vizet Papageno-nak. Később újra megkapják a hangszereiket (a próbák elején elvették őket), amikor Tamino megszólaltatja a varázsfuvolát, Pamina hozzásiet. A fiú azonban nem beszélhet, ezen Pamina megsértődik és otthagyja. A végső próbatételben el kell búcsúzniuk, mintha nem látnák egymást többé. Szétválnak.
Papageno érkezik. Nyafog, hogy eltévedt és eseng egy pohár borért. Az égiek megadják neki, erre már egy nőt akar: "Egy tűzről pattant lányka, ki hetyke, fürge, friss..." Meg is érkezik a vízhordó öregasszony, aki Papagénává alakul, de elvezeti őt a felügyelő, mert Papageno még nem méltó rá.
Közben Pamina meg akar halni, mert Tamino elhagyta, de a segítő nemtők megállítják és elvezetik Taminohoz, hogy mellette legyen. Taminoéknak a tűz és víz barlangján kell áthaladniuk, ami sikerül és nagy ünnepi kórussal jutnak Sarastro birodalmába.
Papageno is elcsügged a végére, de a nemtők eszébe juttatják a hangszert, amely odahívja Papagénát.
Az Éj királynője, a három hölgy és Monostatos összeesküvést szőnek Sarastro ellen. Ám a Fény hívei erősebbek és a Nap felragyog. "Már lángol a napfény, az Éj messze tűnt,
A Nap messze űzi a földről a bűnt."
A záró kórus a fiatalságot magasztalja, és az embert, aki eljutott a Szépséghez és Bölcsességhez.