A Beszterce ostroma nem egy történelmi regény, hanem egy szatírikus (gúnyos) korrajz a kiegyezés utáni időkről.
A főhős karakterét valós személy ihlette, egy 17. századi várúr a 19. században. (Az írás anekdota jellegű, hiszen egy különc ember túlzó és humoros kifigurázása csattanóval a történet végén.)
Pongrácz István olyan ember, aki beleragadva egy letűnt kor eszményeibe nem akarja tudomásul venni, hogy az őt körülvevő világ megváltozott.
A regény a nedeci vár történetével indul, amit azért nem romboltak le a Habsburgok (mint ahogyan a többi magyar várral tették), mert kastélyként lett megjelölve, pedig voltak bástyái, tornyai és saját tömlöce, szóval valódi vár volt. Itt élt Pongrácz István.
Mikszáth nagyon messziről indítja az eseményeket, a regény első felében (első két részében) két külön szál fut, az egyik Estella, a másik Pongrácz története. Pongrácz és Apolka sorsa csak a harmadik részben fonódik össze.
Pongrácz István gróf a középkor embere, az akkori lovagi szokások és szertartások, erkölcsök és normák szerint él, ám a 19. században.
Pongrácz egy vándorcirkuszi társulattól vásárol nőt a házhoz. Egy akrobatanőt vesz meg, Estellát, de feleségül venni nem akarja, mert csak "úgy szereti, ahogyan egy ügyes kutyát szeret az ember".
A hétköznapok borozással és pohárköszöntőkkel telnek, és ebéd után a várúr pénzt szór a parasztoknak. Saját hóbortjainak él és nem akarja megváltani a világot (mint a szintén lovagkorba ragadt Don Quijote). Pongrácznak az egész vármegye a cinkosa, mindenki játssza a szerepét.
Egy nap a várban Behenczy Károly jelenik meg, aki munkát keres, mert az apja elzavarta a hazulról, és jól üti meg a hangot, amikor felajánlja a vár urának "ősi kardját". Várorvos lesz és előkóstoló, meg hamar Estella szeretője is, akit Besztercebányára szöktet. Pongrácz a besztercei magisztrátustól kéri a kiadatásukat, de kinevetik, ezért hadat üzen a városnak.
Ekkor ezt a történeti szálat félbehagyva az író egy másik történbe kezd. Trnowszky György szegény orvosként halt meg Zsolna városában és egy csodaszép törékeny szőke kislányt, Apollóniát (Apolka) hagyta hátra. Trnowszky Péter és Gáspár (Apolka nagybátyjai) meggazdagodtak , de örökké viszálykodtak, ezért Klivényi Józsefet jelölték ki gyámnak. Az iszákos Klivényi se bizonyult jó választásnak, verte és éheztette a lányt. Sokáig szenvedett így a lány, mígnem egyszer azt a tanácsot kapta, hogy csókoljon kezet Trnowszky Péternek. Na erre aztán a két testvér elkezdett rivalizálni. Ajándékokkal halmozták el Apolkát, aztán szinte versengenek a kegyeiért. Tarnóczy Emil (Gáspár fia) beleszeret Apolkába és ez annyira felháborítja Gáspárt, hogy elcsapja a lányt a háztól. De a lány ott szeretne maradni, mert ő is szerelmes, ez viszont annyira dühíti Pétert, hogy ő se akarja már látni a lányt. Apolka újra Klivényihez kerül, aki előbb eladni, aztán feleségül venni akarja, Apolka pedig megpróbál a halálba menekülni.
És itt találkoznak össze a történetek.
Pongrácz hadai éppen Beszterce ellen vonulnak, amikor megtalálják az ájult Apolkát Zsolnán. Mivel ők maguk is szeretnék elkerülni az "ütközetet" és botrányt, felfogadnak néhány vándorszínészt, hogy játsszák el Beszterce város képviselőiként, hogy Apolkát mint haditúszt hozták cserébe Estelláért. Pongrácz első látásra beleszeret a lányba és egész személyisége megváltozik. Felszabadult lesz és örömittas, csak a lány nevelésével van elfoglalva, a közelében akar lenni. Féltékenyen őrzi a lányt, még párbajozik is érte, ahol súlyos sebet kap. Azután Tarnóczy Emil jön el a lányért, akit rögtön tömlöcbe vettet. A féltékenységtől egyre rögeszmésebb lesz Pongrácz, miközben Apolka nem szeretne Pongrácz álomvilágában élni, ő már választott és Emilt szereti.
Pongrácz nem képes lemondani a lányról, hiszen Apolkával lemondana mindarról, ami az életében tiszta volt és jó.
Tarnóczy Emil megvásárolja Estellát és visszaviszi Pongrácznak, ezzel kényszerítve Pongráczot, hogy kiadja a lányt, hiszen a haditúszcsere ezzel megtörténik. Pongrácz tehát mégis lemond a szerelemről, ami reménytelen és fájdalmas, ezzel lemond az életről is. Meg is tervezi a halálát, óriási koporsót csináltat, mert lovasként akar meghalni saját lovával, azután megmérgezi magát. Az emberei azonban gyalogosként temetik el.
Az ábrándok és álmok szétfoszlanak és győz a valóság. Ez azonban nem jelenti azt, hogy a haladás diadalmaskodik az elavult múlt felett.
A regényt éppen azért tárta elénk Mikszáth, hogy lássuk, milyen jól megfér a 19. századi dzsentrik világa a polgársággal és a feudális világgal.
A regény zárása Emil és Apolka házassága, amibe azért keserűség is szorul Pongrácz halála miatt.